즉 생물체 배양과정에서 천연물질의 유도체를 이용한 생체변환 등을 할 수 있는 장치의 포괄적인 의미를 내포하고 있으나, 균주 배양시에는 보통 발효기(fermentor), 식물 혹은 동물세포를 배양하는 경우 일반적으로 생물반응기라는 용어를 사용하고 있다.
식물의 세포, 조직 및 기관배양에 있어서 생물반응기를 이용한 배양법은 액체배지를 사용한다는 점에서 기존의 고체배지를 사용하는 조직배양법과 다소 차이를 보이며, 플라스크 수준의 현탁배양(suspension culture)과 다른 점은 기내환경을 다양하게 변화시킬 수 있다는 것과 산업화 수준의 대규모 배양이 가능하다는 것이다.