현미경을 이용한 식별은 일반적으로 광학현미경을 이용해 어떤 세포들로 구성돼 있는가를 보고 각 세포들의 배열, 형태적 특징을 관찰해 수종을 식별하게 된다.
현미경관찰을 위해서는 먼저 프레파라트를 제작해야 한다. 프레파라트 제작은 목재로부터 횡단면, 방사단면, 접선단면 즉 3단면으로부터 절편 채취가 가능하도록 크기 약 1x1x1cm의 블록을 제작한다. 비중이 크고 단단한 나무는 절편제작이 곤란함으로 연화처리를 해야 한다. 연화처리는 단단한 정도에 따라 다르지만 물 또는 물과 글리세린 혼합액에서 수 시간에서 수일간 끊인다.
그 후 활주식 마이크로톰을 이용해 두께 20~25㎛을 제작해서 사프라닌용액 등으로 염색하고 알콜 시리즈로 탈수처리하고 캐시렌으로 투명하게 한 후, 카나다발삼 등의 접착제로 봉입해 프레파라트를 제작한다.
목재를 식별이나 이용함에 있어서 목재의 삼단면에 관한 정확한 이해는 매우 중요하다. 목재는 각 방향에 따라서 무늬나 세포들의 형태와 특징들이 다르게 나타나기 때문이다.