단독처리 하는 분뇨처리시설 75개소에 대하여 2003년도 방류수 수질검사결과 강원도 인제분뇨처리시설 등 12개소(초과율 16%)가 기준을 초과하였다.
기준초과 주요원인은 처리시설 운영관리 미숙(7개소), 일시적인 기계고장(4개소), 용량부족(1개소)등으로 판명되었으며, 강원도 인제 및 충남 태안 분뇨처리시설의 경우 방류수 수질기준을 2회(2/4분기, 3/4분기) 초과하였다.
현재 전국 191개소 분뇨처리시설중 116개소(27,805톤/일)는 분뇨처리시설에서 협잡물 제거 등 1차 처리 후 하수종말처리장 등에 유입하여 최종 처리하고 있다. 나머지 75개소(5,349톤/일)는 단독처리로 분뇨처리시설에서 최종 처리하고 있으며, 단독처리시설에 대하여는 지방환경청, 시·도에서 매분기 마다 1회 이상 방류수 수질검사를 하도록 되어 있다
앞으로 환경부는 분뇨처리시설의 방류수가 수질기준을 초과하지 않도록 분뇨처리시설 운영요원에 대하여 운영관리 기술교육을 실시하고, 또한 분뇨처리시설의 기술진단을 주기적으로 실시하여 노후시설에 대한 보완공사를 지속적으로 추진할 계획이다.