게놈 프로젝트는 단지 유전체의 DNA 염기서열만을 알기위해서 시작된 것이 아니라 염기서열 안에 들어 있는 유전자의 최종산물인 단백질에 대한 정보를 얻는 것이 최종 목표다.
특정 생물체의 유전체에 존재하는 수만개의 유전자 중에서 아직 우리가 그 기능을 알지 못하는 무수한 기능미확인 유전자(unknown gene)의 산물 즉, 기능미확인 단백질들의 기능을 탐색하고 부여하는 작업을 기능유전체학(functional genomics) 연구라고 할 수 있다.
이를 통해 얻어진 유전체 구조(structural genomics)와 기능(functional genomics) 정보들은 생명의 신비를 밝히는데 결정적인 도움을 줄 것이고 21세기 생명공학 분야뿐 아니라 사회전반에 걸쳐 새로운 시대를 열게 만들 것으로 전문가들은 기대하고 있다.