그러나 상류에 건설된 오봉댐과 도암댐으로 인한 유입수량 부족으로 건천화 현상이 심각한 것으로 드러났다.
그리고 하류에서는 하천오염으로 인해 심한 악취를 풍기고 있으며 물고기 개체수가 현격히 줄어 최근에는 휴식을 즐기는 낚시꾼을 찾아볼 수 없을 정도다.

또한 남대천 정비사업으로 만든 콘크리트호안은 수변식물이 살 수 없기에 수질오염의 원인인 질소·인 등의 부유물질을 저감할 수 없어 일부 타 지자체에서 실시하고 있는 자연물과 숯보 등을 이용한 자연하천 재정비사업이 시급한 상황이다.

한편 남대천의 건천화와 오염을 걱정하는 일부 시민들은 남대천이 썩어가고 있는 주 원인을 상류의 오봉댐과 도암댐에서 적정량의 물을 흘려보내지 않아서 생기는 현상으로 지적했다. 이들은 "강릉시의 해결 과제인 도암댐 발전 방류와 방류중단 시 생기는 실과득을 엄밀히 비교·분석해 공론화 할 필요성이 있다"고 지적하고 있다.
또한 "유네스코 무형문화 지정유산의 행사장인 남대천에 대해 언제까지 국내외 관광객들에게 진실을 숨길 수 있겠느냐"며 "시민이 앞장서서 빨리 대책을 세워야 한다"는 걱정의 목소리가 점점 높아지고 있다.